肢体不自由児施設および重症心身障害児施設を併設したこども専門病院として１９７０年に作られた。その後、未熟児や妊婦の包括医療病棟も整備された。
センターが出来た頃、この近くには雑木林があり、果樹園もあった。バスに乗ると栗拾いの広告があった。
２０１７年には、すぐ近くに津久井やまゆり園の芹が谷園舎が建設された。
このセンターには、重い病気の治療の為に全国から子どもたちが来ている。長く入院している子どもたちの家族の為に宿泊施設が設けられている。センターとＮＰＯ法人スマイルオブキッズが協力して運営している。